Detección del virus influenza pandémica A (H1N1) en Paraguay 2009, y amplificación de genes hemaglutinina y neuraminidasa / Detection of pandemic influenza A (H1N1) virus in Paraguay in 2009, and amplification of the hemagglutinin and neuraminidase genes

Introducción: El virus de influenza pandémica A (H1N1), cuya circulación se inició en abril del año 2009 en México y Estados Unidos, se constituyó en el último virus pandémico desde los casos detectados en Hong Kong en 1968. El genoma del virus de influenza A está formado por 8 segmentos ARN de cadena simple (polaridad negativa), que codifican para 10 proteínas. Los genes hemaglutinina y neuraminidasa codifican para dos proteínas de superficie y son los utilizados en los análisis de variabilidad genética. Objetivos: a) Detectar la circulación del virus pandémico en pacientes con sospecha clínica de infección por influenza, y b) Diseñar una estrategia para amplificar de forma completa los genes hemaglutinina y neuraminidasa. Materiales y Métodos: Fueron analizados por Real-Time RT-PCR (transcripción reversa y reacción en cadena de la polimerasa en tiempo real) un total de 181 muestras de hisopado faríngeo, colectadas o remitidas al Hospital de Clínicas, del 6 de agosto al 11 de octubre de 2009. Para el diseño de amplificación de los genes hemaglutinina y neuraminidasa, se han utilizado herramientas bioinformáticas y reacción en cadena de la polimerasa. Resultados: Del total de muestras analizadas, 27 (14.9 %) dieron resultado positivo para el nuevo virus pandémico. Por otra parte, la amplificación completa de ambos genes proporcionó los resultados esperados: 1678-pares de bases (pb) para la hemaglutinina, y 1427-pb para la neuraminidasa. Conclusiones: La implementación de esta tecnología de amplificación permitirá posteriormente la secuenciación de estos genes a fin de determinar las variaciones genéticas del virus que podrían tener un impacto en la salud humana.

Introduction: The pandemic influenza A (H1N1) virus, whose circulation was detected in April 2009 in Mexico and the United States, is the latest pandemic virus since the cases reported in Hong Kong in 1968. The genome of the influenza A virus consists of 8 segments of single-stranded RNA of negative polarity, coding for 10 proteins. The hemagglutinin and neuraminidase genes encode for two surface proteins and are used in the analysis of genetic variability. Objectives: a) to detect circulation of the pandemic virus in patients with clinical suspicion of influenza infection and b) design a strategy to fully amplify the hemagglutinin and neuraminidase genes.Materials and Methods: A total of 181 pharyngeal swabs were collected and sent to the Hospital de Clínicas for analysis using Real-Time RT-PCR (reverse transcription and polymerase chain reaction in real time) between 6 August and 11 October 2009. To design the amplification of hemagglutinin and neuraminidase genes, we used bioinformatic tools and polimerase chain reaction. Results: Of the samples analyzed, 27 (14.9%) were positive for the new pandemic virus. Moreover, the complete amplification of both genes provided the expected results: 1678-base pairs (bp) for the hemagglutinin, and 1427-bp for neuraminidase. Conclusions: The use of this technology for amplification will eventually allow sequencing to identify genetic variations of the virus that could have an impact on human health.

Sensibilidad y especificidad del método inmunocromatográfico utilizado para el diagnóstico de rotavirus / Sensibility and specificity of the immunochromatographic method used for rotavirus diagnosis

El rotavirus (RV) es el principal agente viral causante de diarrea aguda en niños menores de 5 años y es responsable de aproximadamente el 6% de las muertes en este grupo etáreo, lo que conlleva la necesidad de utilizar métodos de diagnósticos rápidos y confiables. El objetivo del estudio es evaluar la sensibilidad y especificidad del método inmunocromatográfico (ICG), en el que se basan muchos kits comerciales utilizados para el diagnóstico de rotavirus grupo A, tomando como referencia el método de electroforesis en gel de poliacrilamida (PAGE). Se seleccionaron muestras de heces de 317 pacientes con diarrea aguda que concurrieron a un laboratorio privado de mayo a noviembre del 2006, con pedido de análisis de rotavirus y todos los datos de los pacientes fueron manejados de manera confidencial Se utilizaron kits de las marcas comerciales Operón simple (n=154) o SD Bioline rotavirus (n=163), siguiendo estrictamente las instrucciones del fabricante. Las muestras fueron conservadas en frío y remitidas al IICS para la realización de los estudios moleculares. La sensibilidad obtenida por el método ICG fue de 97,8% y la especificidad de 84%. La concordancia absoluta fue del 90%. Las muestras que dieron resultados discrepantes entre ICG y PAGE, fueron confirmadas por nRT-PCR, resultados que coincidieron con los obtenidos por PAGE. La sensibilidad del método ICG es muy buena, si bien la especificidad es moderada el método puede ser utilizado como screening para el diagnóstico rápido de rotavirus y sería aconsejable utilizar métodos más específicos como los moleculares para estudios epidemiológicos.

The rotavirus (RV) is the major causative agent of acute viral diarrhea in children under 5 years old and is responsible for approximately 6% of the deaths in this age group making necessary the use of quick and reliable diagnosis methods. The aim of this study is to evaluate the sensibility and specificity of the immunochromatographic method (ICG) on which many commercial kits used for the diagnosis of A rotavirus group are based taking as a reference the polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE). Feces samples were collected from 317 patients with acute that attended a private laboratory from May to November, 2006 for rotavirus analysis. All the information of the patients was managed confidentially. Kits of the commercial brands simple Operón (n=154) or SD Bioline rotavirus (n=163) were used strictly following the instructions of the manufacturers. Samples were maintained in cold and sent to the IICS for the performance of the molecular studies. The sensibility obtained by the method ICG was 97.8%, the specificity was 84% and the absolute concordance was 90 %. The samples that gave discrepant results between ICG and PAGE were confirmed by nRT-PCR that provided results similar to those obtained by PAGE. The sensibility of the ICG method is very good and though the specificity is moderated it can be used as screening for the quick diagnosis of rotavirus and it would be advisable to use more specific methods, as the molecular ones, for epidemiological studies.